Lammassaari sijaitsee keskellä kansainvälisestikin merkittävää Ramsar-lintukosteikkojen suojelusopimuksen piiriin kuuluvaa Viikin-Vanhankaupunginlahden luonnonsuojelualuetta. Alue kuuluu myös Suomen Natura 2000-verkostoon. Alue on 254 hehtaarin suuruinen ja se sijaitsee keskellä Helsinkiä. Helsingin kaupungin tavoitteena onkin suojella alueen linnustoa ja kasvillisuutta. Kaupungin ympäristöviranomaiset ovat laatineet luonnonsuojelualuetta varten hoito- ja käyttösuunnitelman.

Luonnonsuojelualueella on mm. monta lintutornia, joista yksi on Lammassaaressa. Lintuhavaintoja alueella on 1940-luvun alusta saakka. Luonnonsuojelualueella on havaittu kolmisen sataa lintulajia, yhtenä uusimmista merikotka ja amerikanhaapana. Mustakurkku-uikku, sotkat ja nokikana ovat kärsineet pohjaelimistön ja uposkasvillisuuden häviämisestä. Niittyjen kutistumisesta ovat puolestaan kärsineet lapasorsa, kahlaajat, niittykirvinen ja keltavästäräkki. Järviruovikon rehevöitymisestä ovat hyötyneet luhta- ja ruovikkolinnut. Pikkutikka ja satakieli iloitsevat rantametsien hallitusta hoitamattomuudesta.